二級生物安全柜的一個特征就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后，再安全柜內部形成向下流動的氣流。氣流不斷地沖能可產生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
       不同型號的二級生物安全柜的主要區別在于：排氣的比例以及氣體經過空氣高壓再循環的比例不同。另外，不同的二級生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內，有的是通過連接到通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統排到建筑物外面。除了以上所提及的不同之外，所有的二級生物安全柜同1級生物安全柜一樣，能夠保護操作人員和實驗室環境免受危害。另外，二級安全柜也能夠保護產品樣本在微生物操作過程中免受污染。二級生物安全柜可以在一，二，三級生物安全水平的生物因子操作中使用。

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